십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데.
 시간은 흘러, 죽은 줄로 알고 있던 멤버까지 합세해 아카츠키가 나뭇잎 마을을 습격한다. 그런데 이상하게도 아카츠키는 별다른 반격도 없이 물러난다. 사투를 끝낸 나루토는 갑자기 나뭇잎 마을에 모습을 드러낸 가면 남자로부터 습격을 받는다. 사쿠라와 나루토는 가면 남자의 동술에 당해 정신을 잃게 된다. 그런데 눈을 뜬 두 사람 앞에 펼쳐진 나뭇잎 마을이 평소와 다르다는 것을 깨닫는다. 카카시나, 츠나데, 제7반의 멤버, 언제나 함께한 동료들이 마치 다른 사람인 것처럼 변해 있는 것이 아닌가. 게다가 사스케까지 마을에 돌아와 있다. 더 놀라운 것은 죽은 나루토의 부모 미나토와 쿠시나가 살아 있는 것!! 도대체 무슨 일이 일어 난 걸까?
 갑자기 눈앞의 현실이 변해버리고 만 것에 대해 당혹해 하는 나루토와 사쿠라. 하지만 나루토는 부모와 만날 수 있게 되었다는 기쁨을 감출 수가 없다. 한편, 이 세계는 또 한번 가면 남자에 의해 존망의 위기를 맞게 된다. 구미의 힘을 노리는 가면 남자. 또 한번 나뭇잎 마을에 멸망의 위기가 찾아오게 되는데…과연, 나루토는 가면 남자로부터 세계를 지켜낼 수 있을까?